Die Folgen des Krieges gingen auch nicht an Dobbertin und seinem Kloster vorbei. Ab 1942 wurden durch Kriegseinwirkung obdachlos gewordene Familien aus Mecklenburg, Pommern und dem Rheinland hier untergebracht.

Dann wurde Dobbertin zum Durchgangs-, Entlausungs-, Einkleide- und Ausbildungslager für viele zehntausende (ca. 82000) Russen, Letten, frühere Gefangene und Zivilrussen. So mussten alle Häuser des Klosters und fast alle des Dorfes geräumt werden. Die Conventualinnen sind z.T. gestorben, z.T. nach Malchow, Ribnitz oder auf Güter von Verwandten gereist, die anderen vegetierten in Ställen, auf Kornspeichern bei katastrophalen, unbeschreiblichen Verhältnissen. Die meisten Dorfbewohner zogen auf umliegende Dörfer.

1945 starben über 25 Prozent der Konventualinnen, überwiegend an Typhus. Das Kloster wird Unterkunft für eine sowjetische Militäreinheit. Der Umgang mit Gebäuden und Geschichte war rüde, im sehr kalten Winter 1945/46 brannte das wertvolle Archiv des Klosters nahezu vollständig ab. Die in Dobbertin verbliebenen Damen lebten von ihren Ersparnissen, Mieteinnahmen sowie von Tauschgeschäften.

Ende 1946 zog die sowjetische Besatzung aus dem Kloster und Dorf aus. Das Kloster wurde der mecklenburgischen Landesregierung von der sowjetischen Militäradministration zur Verfügung gestellt. Von Januar bis April 1947 war die Klosteranlage ohne Aufsicht, Einheimische und Flüchtlinge versorgten sich mit allem noch vorhandenen Brauchbaren. Im Frühjahr 1947 wurde von der Landesregierung entschieden, das ehemalige Kloster als Landesalters- und Pflegeheim einzurichten. Im April bzw. Mai 1947 begannen die ersten Arbeiten.

Am Anfang war alles wüst und leer. Es wurde alle Kraft und Energie daran gesetzt, das Heim aufzubauen, was nur unter größten Schwierigkeiten und treuester Mitarbeit vieler Menschen möglich war. Die Wohnhäuser für die zu erwartenden alten Bewohner konnten nur kümmerlich mit Mobiliar und mit allereinfachsten Holzbettstellen und Strohsäcken, die hier gestopft wurden, ausgestattet werden. Am 1. November 1947 zogen die ersten hundert Heimbewohner ein, die Einweihung wurde am 2. November im großen Saal des Hauses XVI (ehemaliges Klosterhauptmannhaus) gefeiert. Die Bauarbeiten hielten noch bis 1949 an. In der Folgezeit lebten bis zu 500 alte Menschen in der Klosteranlage. Nach 1945 zogen auch einige Konventualinnen ein, die 1918 schon eingeschrieben waren, und verbrachten hier ihren Lebensabend. Die letzte, Elisabeth-Charlotte von Bassewitz, verstarb am 22. April 1974.